自太空殖民地“欧拉西亚”在上两集时的坠落,地球虽无灭绝,但地上的环境变成一片荒芜,经过思考型机器人们的共同努力下,地球复兴之期指日可待。 X 因怀疑武力减少非正规化发生的可行性而退下火线,令猎人缺少了重要的力量,非正规机械的发生率亦间接增加。一群思考型机器人见情况日下,毅然组成自警集团 “赤色警戒”,处决非正规机械。直到一天……高速公路上发现非正规的蝎子形机械,零奉命到场制止,却遇上了从“赤色警戒”逃走出来的神秘思考型机器人阿塞路,两人合作打败蝎子形机械,零要求他一同返回猎人总部解释前因后果。甫到步,大堂的萤光幕出现了“赤色警戒”头领──雷德的影像,他要求猎人们将艾克赛尔交回他们,无视 X 的置之不顾并鄙视他的引退,雷德出动八位奖金猎人向非正规机器人猎人挑战。艾克赛尔去意已决,想将功赎罪的心也不被 X 阻止,便随零一起步向新一场战斗中……
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暗示序章关卡再以洛克人X的序章关卡为题,是暗示了阿塞路承继了 X 的斗志和目标,不同的是,前者并非全因正义感驱使而去战斗,相比之下,这反而为现在的 X 更添上成熟的一面。破例在整个洛克人X中,银加鲁是唯一一位以骑乘装甲决斗的八大首领;霸法是唯一另外的一位,但他从来不是八大首领。至于猎人可以用骑乘装甲来战斗,则有以下三位八大首领的关卡才能: X4 对岩浆龙骑·得拉高之战、今集对鲁莽袋鼠·银加鲁之战,还有 X8 对青竹熊猫·盼狄魔尼蒙之战。批评X 的突然引退令玩家大惑不解(因为真的不能使用他出击),亦令阿零和阿塞路无故在故事前期“担上主角之位”。相对来说,这设定使 X 在后期参战时得不到足够的升级空间,削弱其战斗力。( X 需要在玩家救助一半数量的求救者后──即是六十四人──才会决定“重出江湖”。)3D 场境虽然对于常常局限于 2D 的洛克人X系列游戏带来新的突破,可是在没有前作经验的情况底下,角色的控制和镜头的角度及距离等等三维表现不甚令人感到畅快。